Projenin ilk etabı olan Boğaz Tüp Geçişi inşaatının temeli 9 Mayıs 2004 tarihinde atılmış olup 29 Ekim 2013’te tamamlanarak hizmete girmiştir. Marmaray projesi’nin hizmete giren durakları şehrin Anadolu Yakası’nda Ayrılıkçeşme ve Üsküdar, Avrupa Yakası’nda Sirkeci, Yenikapı ve Kazlıçeşme’dir.
Projenin tamamlanması ile halen Avrupa ve Asya yakasında birbirinden ayrı şekilde tek yönde, saatte 10,000 yolcu kapasitesi ile hizmet vermekte olan banliyö hatları, iki yakanın kesintisiz bir şekilde birleştirilmesi ile tek yönde, saatte 75,000 yolcu kapasitesine ulaşılacaktır. Gebze-Halkalı arası yolculuk, 105 dakika sürecektir.